Цитата: Просто получается, что по счету я авансовый счет-фактуру выставила
Вы авансовый с/ф выставили не по счету, а по оплате:
Цитата: Мы получили от контрагента аванс
У вас по одному договору с контрагентом аванс, вот по нему вы выставили с/ф на аванс и зарегистрировали его в книге продаж в периоде получения аванса - начислили НДС с аванса:
Цитата: Мы получили от контрагента аванс по счету , работы по счету не выполнены и выполняться не будут, на 62.02 висит полученный аванс.
По другому договору вы выполнили работы, но оплаты по нему нет от контрагента, вы в периоде реализации выставили с/ф на реализацию - зарегистрировали его в книге продаж - начислили НДС с реализации:
Цитата: Наш контрагент должен нам денежные средства по договору , работы по нему полностью выполнены на счете 62.01 у нас висит задолженность.
Вот эти обязательства (аванс по договору 1 и реализацию по договору 2) вы и зачитываете между собой.
У вас по сч. 62.02 висит аванс, по сч. 76 АВ висит НДС с аванса - вот этот НДС вы и хотите закрыть - в момент зачета аванса с/ф на аванс зарегистрируете в книге покупок на основании Соглашения о зачете.